Църквата „Свети Никола“ е построена в по-късен период, 1859-1860 г., когато християните в Турция получили по силата на провежданите реформи известни религиозни свободи и самоковци издействали ферман. Те вярвали, че на това място е имало църква още преди падането на града под турска власт. След като бил завършен иконостасът и поставени иконите, храмът бил осветен тържествено на 26 октомври 1861 г., Димитровден, от архимандрит Хрисант Дойчинов и градските свещеници, за да свърже завинаги родолюбието на самоковци с борбата срещу гръцкото духовенство. Именно в тези дни от града е изгонен гръцкия владика Матей Самоковски, а църковната служба започва да се води само на български език. Дръзкото строителство на църквата „Свети Никола“ показва тази решителност за отхвърляне на гръцките владици, но и неустоим копнеж за национално освобождение. Трите ѝ купола белеят отдалеч, устремени в синевата. Високата каменна ограда тук не скрива почти нищо. Иконите ѝ са работени от самоковски зографи, но вътре липсват стенописи. „Св. Никола“ е гробищна църква. В двора ѝ са били погребани видни самоковски личности като Захари Хаджигюров, Захари Зограф и др. През 50-те години част от гробищния парк е застроен. Надгробните плочи на Захари Зограф и Християния днес се съхраняват в Историческия музей.